Hallo,
wenn du das Inhaltsverzeichnis generierst, kannst du dabei den Schreibschutz aufheben. Dann lassen sich die Seitenzahlen sicher ändern. Der bessere Weg wäre aber sicher, dass das Dokument so erstellt wird, dass die Seitenzahlen auch richtig übertragen werden... Soweit ich deine Fehlerbeschreibung verstanden habe, hast du möglicherweise (?) das Inhaltsverzeichnis erstellt und dann nochmals dein Dokument verändert?!
Siehe Screenshot aus dem ooowiki.de, die Schutzfunktion ist hier angewählt.
Ciao